秋刀魚是日本料理中最具代表性的秋季食材之一，最常見的烹制方式是將整條魚鹽烤，搭配白飯、味噌湯、蘿卜泥一同食用。秋刀魚的魚腸有苦味，但是大多數(shù)食客并不把魚腸去除，而是用醬油或檸檬汁來給鹽烤秋刀魚調(diào)味。他們認(rèn)為醬油的咸鮮味或檸檬的酸味與魚本身的苦味相結(jié)合，才是秋刀魚的最佳風(fēng)味。此外，鹽烤秋刀魚也是韓國料理中的一道菜肴。蒲燒秋刀魚是另一種比較常見的烹制方式。秋刀魚生魚片開始逐漸流行起來。秋刀魚壽司則并不是全日本十分普及的菜式，只是紀(jì)伊半島、志摩半島等一些沿海地區(qū)的區(qū)域性食物。制作壽司用的秋刀魚肉要先用鹽和醋（有時(shí)用檸檬汁）進(jìn)行腌制后方可使用。一般人群均可食用。
秋刀魚等青皮紅肉魚類在適度環(huán)境中會(huì)產(chǎn)生組胺，引起組胺中毒（過敏性中毒），選購時(shí)，要特別注意鮮度質(zhì)量，盡量加醋燒煮或油炸。建議秋刀魚裝碟時(shí)，可灑上炒過的白芝麻，或者擠點(diǎn)新鮮的檸檬汁提味。
煎秋刀魚時(shí)，最好只煎魚肉那一面，如果煎魚皮那一面，魚皮會(huì)容易因粘鍋而破掉，不太美觀。燜煮秋刀魚時(shí)，中途要揭蓋鏟松秋刀魚，避免它粘鍋燒糊。做秋刀魚的過程中，醬油和鮑汁已經(jīng)夠味，不需要放鹽，否則會(huì)過咸了。秋天是秋刀魚最肥美的季節(jié)，可將新鮮的秋刀魚，連同內(nèi)臟一起烤制成鹽燒秋刀魚。腐敗變質(zhì)的魚會(huì)產(chǎn)生毒害物質(zhì)，不宜食用。