一般認(rèn)為，原生瑪瑙是由巖漿的殘余熱液形成的。這種熱液充填在火山巖如玄武巖、流紋巖的空隙中，因空隙的形狀不同，或成瑪瑙球，或成瑪瑙脈。經(jīng)過(guò)自然力的作用，原生瑪瑙脫落而出，再經(jīng)過(guò)山洪沖擊，流水搬運(yùn)，磨成卵石。這就是我們所見(jiàn)到的在礫石層中的雨花瑪瑙石。雨花石以其紋奇、色艷的自然美著稱于世。它的圈狀花紋是二氧化硅膠液圍繞火山巖空隙、空腔，由內(nèi)壁開(kāi)始，從外向內(nèi)多層次逐層沉淀而成。在其生長(zhǎng)過(guò)程中，常常發(fā)生帶色離子和化合物的周期擴(kuò)散。
原生瑪瑙的主要化學(xué)成分是二氧化硅，其次是少量的氧化鐵和微量的錳、銅、鋁、鎂等元素及化合物。它們本身具有不同的色素，如赤紅者為鐵，藍(lán)者為銅，紫者為錳，黃色半透明為二氧化硅膠體石髓，翡翠色含綠色礦物等等；由于這些色素離子溶入二氧化硅熱液中的種類和含量不同，因而呈現(xiàn)出濃淡、深淺變化萬(wàn)千的色彩，使雨花石及其艷麗秀美。