具體形成的年限，因為硅化木的研究局限，并未有完全發(fā)現。迄今為止最早的木化石是石炭紀早期的裸蕨植物化石。最新的為6500萬年前白堊紀晚期的硅化木。但可以確定樹化玉的形成期在古生代石炭紀（始于距今3.55億年）到中生代白堊紀（結束于距今6500萬年）之間。
古生代 (Paleozoic，符號PZ)
開始于5.7億年前，結束于2.3億年前。古生代共有6個紀，包括寒武紀(5.4億年前）、奧陶紀（5億年前)、志留紀（4.35億年前）、泥盆紀(4.05億年前）、石炭紀（3.55億年前）和二疊紀（2.95億年前）。石炭紀和二疊紀昆蟲和兩棲類繁盛。古植物在古生代早期以海生藻類為主，至志留紀末期，原始植物開始登上陸地。泥盆紀以裸蕨植物為主 ，兩棲類完成了登陸。石炭紀和二疊紀時，蕨類植物特別繁盛，形成茂密的森林，是重要的成煤期，樹化玉便是此時期開始形成，樹化玉的形成期應該推算到距今3.55億年。
中生代（Mesozoic Era）
距今約2.5億年～距今約6500萬年。中生代名稱是由英國地質學家J.菲利普斯于1841年首先提出來的。中生代從二疊紀—三疊紀滅絕事件開始，到白堊紀—第三紀滅絕事件為止。自老至新中生代包括三疊紀、侏羅紀和白堊紀。中生代時，爬行類空前繁盛，故有爬行動物時代之稱，或稱恐龍時代。中生代時出現鳥類和哺乳類動物。海生無脊椎動物以菊石類繁盛為特征，故也稱菊石時代。中生代植物，以真蕨類和裸子植物最繁盛。樹化玉形成期結束于此時期，硅化木的形成在6500萬年前結束。